Al-Faruqi dilahirkan di Jaffa, di bawah pentadbiran British di Palestin.[1] Bapanya, 'Abd al-Huda al-Faruqi, ialah seorang hakim Islam (qadi). Al-Faruqi menerima pendidikan agama awal di rumah dan di masjid tempatan. Pada tahun 1936, beliau mula menghadiri Kolej Dominican Perancis Collège des Frères de Jaffa.

Pada tahun 1942, beliau dilantik sebagai pendaftar koperasi di bawah kerajaan Palestin Bermandat di Baitulmuqaddis. Pada tahun 1945, beliau menjadi gabenor daerah Galilee. Selepas Perang Arab-Israel 1948, al-Faruqi berhijrah ke Beirut, Lubnan, tempat beliau belajar di Universiti Amerika di Beirut. Beliau kemudiannya mendaftar di Universiti Indiana, memperoleh M.A. dalam bidang falsafah dengan tesis yang bertajuk The Ethics of Reason and the Ethics of Life (Kantian and Nietzschean Ethics) pada tahun 1949.[2]

Dalam tesis M.A. beliau, al-Faruqi meneliti etika Immanuel Kant dan Friedrich Nietzsche. Beliau kemudiannya telah menyusul dengan M.A. yang kedua dalam bidang falsafah dari Universiti Harvard pada tahun 1951 dan juga memperoleh Ph.D. dengan tesis bertajuk On Justifying the Good dari Universiti Indiana pada tahun 1952.[3] Dalam tesis kedoktorannya, al-Faruqi berhujah bahawa nilai-nilai adalah mutlak, esensi yang wujud sendiri yang diketahui secara a priori melalui intuisi emosi. Beliau mendasarkan teorinya pada penggunaan fenomenologi oleh Max Scheler dan kajian etika oleh Nicolai Hartmann.[4][5]

Kajian beliau membawa kepada kesimpulan bahawa ketiadaan asas transenden membawa kepada relativisme moral, yang mendorong beliau menilai semula warisan Islamnya. Dalam tempoh enam tahun selepas tiba di Amerika Syarikat, beliau menyedari keperluan untuk kajian yang lebih mendalam mengenai Islam, yang mendorong beliau belajar di Universiti Al-Azhar di Mesir. Apabila beliau meninggalkan Amerika Syarikat, beliau telah mengembangkan persoalan baru mengenai kewajipan moral dan berusaha untuk mengintegrasikan pencarian intelektualnya dengan identiti Islamnya.[6]